Twee belangrike ooreenkomste is onlangs deur SA Stamboek onderteken om te verseker dat genomiese inligting optimaal deur Suid-Afrikaanse veetelers gebruik kan word. Stamboek het onlangs die “Single Step” Genomiese Evaluasie vir twee vleisbeesrasse uitgerol waarmee die akkuraatheid van voorspelling van genetiese waardes en identifisering van geneties meerderwaardige diere betekenisvol verbeter word.

Dit is hoofsaaklik die gevolg van die insluiting van genomiese inligting in die genetiese voorspellings. ’n Genomiese Diens word ook aan melktelers gebied waar direkte genomiese waardes, voorspel vanaf die Verwysingspopulasie van die Noord-Amerikaanse Genomiese Konsortium, omgeskakel word met Interbull omskakelingsvergelykings na die Suid-Afrikaanse skaal en geïntegreer word met Suid-Afrikaanse teelwaardes, wat gegrond is op die uitdrukking van gene in die Suid-Afrikaanse omgewing en Suid-Afrikaanse populasies.

Stamboek het ook onlangs deelgeneem aan Interbull se loodsprojek “Intergenomics”, wat die ontwikkeling van ’n Internasionale Genomiese Ontleding vir die Holsteinras behels vir voorspelling van Genomies Verrykte Teelwaardes van kleiner populasies, met belowende resultate.

Omvattende navorsing, ontwikkeling en assessering is gedoen voordat die “Single Step” Genomiese Evaluasies vir vleisbeeste in werking gestel is. Dit het gelei tot die besluit om die sagteware program, MIX99, ontwikkel deur LUKE in Finland, te gebruik vir die voorspelling van genomies verrykte teelwaardes. MIX99 word deur meer as 20 Genetiese Evalueringsentrums (insluitende nasionale evaluasies) wêreldwyd gebruik vir die voorspelling van die genetiese meriete van diere. Stamboek word dus nou deel van hierdie wêreldwye netwerk. MIX99 maak dit moontlik om die nuutste tegnologiese ontwikkelings met betrekking tot genetiese evaluerings te kan toepas vir alle eienskappe en spesies. Die program optimiseer rekenaar-hulpbronne en word gereeld, na deeglike toetsing, opgedateer met nuwe funksies.

Gedurende die Februarie 2018 ICAR en Interbull vergaderings in Auckland, Nieu-Seeland, het dr Japie van der Westhuizen (uitvoerende bestuurder van SA Stamboek) ‘n ooreenkoms met dr Martin Lidauer, verteenwoordiger van LUKE (Natural Resources Institute) geteken, vir die amptelike gebruik van MIX99 vir Genetiese Evaluerings deur SA Stamboek.

Hierdie belangrike ontwikkel maak dit moontlik dat voorspelling van genomiese verrykte teelwaardes ook baie vinnig vir ander rasse en spesies in werking gestel kan word, gegewe dat die fondasie van genotipering van ’n voldoende hoeveelheid verwysingsdiere van ‘n ras/spesie in plek is.

Die doeltreffendheid waarmee MIX99 SA Stamboek se rekenaarhulpbronne aanwend, het ook tot ’n meer gereelde diens van genetiese voorspellings vir die vleisbeesrasse gelei. Al hoe meer vleisbeesrasse ontvang nou maandelikse BLUP Genetiese Evaluasies, wat die telers in staat stel om tydige, ingeligte seleksiebesluite te kan maak.

Die ontwikkeling van genomiese profiel tegnologie gebaseer op SNP (single nucleotide polymorphism) beskrywings van individuele diere se genome, het gelei tot die ontwikkeling en kommersialisering van ’n verskeidenheid “SNP-skyfies” wat varieer in digtheid (van ongeveer seweduisend basispare tot meer as sewehonderdduisend basispare). Hierdie SNP-skyfies wat gebruik word om die genoom van elke dier te lees, is nie net gewoonlik laboratorium- en ras – spesifiek nie, maar ook afhanklik van die keuse van die kliënt, wat meestal deur bekostigbaarheid bepaal word.

In ’n ideale wêreld behoort die inligting van elke dier se genoom vir insluiting in genetiese meriete voorspellings, gemaksimeer te word. Daarom moet die inligting vanaf die digste SNP-skyfie en die skyfie wat spesifiek ontwikkel is vir die betrokke ras (wat die totale variasie van die ras op SNP-vlak dek), gebruik word. Dit is egter moontlik om deur ‘n wiskundige prosedure, genaamd Imputasie, die ontbrekende SNP-inligting van diere wat op ’n minder digte skyfie getoets was, in te vul, sodat al die diere van ’n ras wat genomies getoets is op dieselfde genomiese digtheidsvlak te plaas, ongeag die SNP skyfie wat gebruik was.  Hierdie imputasie prosedure is al so geoptimaliseer dat die volledigmaking van minder digte skyfies met baie groot akkuraatheid gedoen kan word. Die resultaat van imputasie kan dan op dieselfde wyse gebruik word asof die dier se genoom op ’n hoër digtheid SNP-skyfie gelees gewees het.

Die Sentrum vir Genetiese Vee-Verbetering van die Universiteit van Guelph (Kanada) het sagteware, FImpute op aanvraag van L’Alliance Boviteq Inc., ’n filiaal van The Seme x Alliance, ontwikkel vir imputasie van SNPs.

FImpute word algemeen gebruik deur baie navorsingsgroepe en Genetiese Evaluaring Sentrums regoor die wêreld. SA Stamboek het reeds die funksionaliteite van FImpute geïnkorporeer in die voorspelling van genetiese meriete van plaaslike vleisbeesrasse, waar genomiese inligting ingesluit word. Soos in die geval van baie ander Genetiese Evaluering Sentrums, het SA Stamboek ook besluit om van FImpute gebruik te maak vir imputasieen die ander belangrike funksionaliteite wat FImpute bied.

Dit sal uitgebrei word na genetiese meriete voorspelling van suiwel – en indien dit wel in werking gestel word, vir kleinveerasse. ’n Ooreenkoms is gevolglik geteken tussen SA Stamboek en The Semex Alliance van Kanada, om SA Stamboek toegang te gee tot die gebruik van FImpute in Logix Genetiese Meriete Voorspellings.

Die resultaat van internasionale samewerking, uitruiling van genomiese profiele, deelname van Rasgenootskappe en individuele telers aan SA Stamboek se Genomiese Seleksie Diens, sowel as deelname aan Suid-Afrika se Beef Genomics en Dairy Genomics Programs wat deur die Technology Innovation Agency gefinansier word, het daartoe gely dat SA Stamboek nou toegang het tot genomiese profiele van meer as 7 500 beeste van verskillende rasse. Dit het ook reeds gelei tot die ontwikkeling van “pyplyne” in die hantering van die genomiese data, kwaliteitsassessering en kontrolering van laboratorium resultate, die outomatisering van ouerskapsverifikasie en ouerskapsvasstelling gebaseer op genomiese inligting, imputasie (waar nodig) en die inkorporering van genomiese inligting in Logix (BLUP) Teelwaarde Voorspellings.

SA Stamboek streef daarna om betrokke te bly en saam te werk met leiers in die plaaslike en wêreldwye veebedryf en gebruik te maak van die nuutste navorsings-en ontwikkelings-moontlikhede en tegnologieë wat sal verseker dat Suid-Afrikaanse boere kompeterend in die internasionale arena sal bly.

Bron: SA Stamboek en Diereverbetering Vereniging